یکی از مالیات‌های تکلیفی که کارگزاری‌ها پرداخت می‌کنند مالیات نقل و انتقال سهام شرکت‌های بورسی و فرابورسی است که قسمت مالیات‌های تکلیفی آنها باید مورد بررسی قرار بگیرد. مالیات نقل و انتقال سهام چون در حین مبادله در کارگزاری یا در دفترخانه اسناد رسمی مطالبه و پرداخت می‌شود در شرکت‌های دیگر جزو مالیات‌های مقطوع محسوب می‌شود. معادل 10 درصد از مالیات بر درآمد حاصل از فروش کالاهایی که در بورس‌های کالایی پذیرفته شده و به فروش می‌رسد و 10 درصد از مالیات بر درآمد شرکت‌هایی که سهام آنها برای معامله در بورس‌های داخلی یا خارجی پذیرفته می‌شود و 5 درصد از مالیات بر درآمد شرکت‌هایی که سهام آنها برای معامله در بازار خارج از بورس داخلی یا خارجی پذیرفته می‌شود، از سال پذیرش تا سالی که از فهرست شرکت‌های پذیرفته شده در این بورس‌ها یا بازارها حذف نشده‌اند با تایید سازمان بخشوده می‌شود. شرکت‌هایی که سهام آنها برای معامله در بورس‌های داخلی یا خارجی یا بازارهای خارج از بورس داخلی یا خارجی پذیرفته شود در صورتی که در پایان دوره مالی به تایید سازمان حداقل 20 درصد سهام شناور آزاد داشته باشند معادل دو برابر معافیت‌های فوق از بخشودگی مالیاتی برخوردار می‌شوند. از هر نقل و انتقال سهام و سهم‌الشرکه و حق‌تقدم سهام و سهم‌الشرکه شرکا در سایر شرکت‌ها مالیات مقطوعی به میزان 4 درصد ارزش اسمی آنها وصول می‌شود. از این بابت وجه دیگری به‌عنوان مالیات بر درآمد نقل و انتقال فوق مطالبه نخواهد شد.
انتقال دهندگان سهام و سهم‌الشرکه و حق‌تقدم سهام مکلفند قبل از انتقال، مالیات متعلق را به حساب سازمان امور مالیاتی کشور واریز کنند. ادارات ثبت یا دفاتر اسناد رسمی مکلفند در موقع ثبت تغییرات یا تنظیم سند انتقال حسب مورد گواهی پرداخت مالیات متعلق را اخذ و ضمیمه پرونده مربوط به ثبت یا انتقال کنند. در شرکت‌های سهامی پذیرفته شده در بورس اندوخته صرف سهام مشمول مالیات مقطـوع به نـرخ نیم درصـد خواهد بود و به این درآمد مالیات دیگری تعلق نمی‌گیرد. شرکت‌ها مکلفند تا پایان ماه بعد از تاریخ ثبت افزایش سرمایه آن را به حساب سازمان امور مالیاتی کشور واریز کنند.از هر نقل و انتقال سهام و حق‌تقدم سهام شرکت‌ها اعم از ایرانی و خارجی در بورس‌ها یا بازارهای خارج از بورس دارای مجوز، مالیات مقطوعی به میزان نیم درصد ارزش فروش سهام و حق‌تقدم سهام وصول خواهد شد و از این بابت وجه دیگری به‌عنوان مالیات بر درآمد نقل و انتقال سهام و حق‌تقدم سهام و مالیات بر ارزش افزوده خرید و فروش مطالبه نخواهد شد. کارگزاران بورس‌ها و بازارهای خارج از بورس مکلفند مالیات یاد شده را بهنگام هر انتقال از انتقال‌دهنده وصول و به حساب تعیین شده از طرف سازمان امور مالیاتی کشور واریز کنند و ظرف ده روز از تاریخ انتقال، رسید آن را به همراه فهرستی حاوی تعداد و مبلغ فروش سهام و حق‌تقدم مورد انتقال به اداره امور مالیاتی محل ارسال کنند.