طرح مجلس برای خانه‌های خالی پیش از بررسی در صحن چکش‌کاری شد. کمیسیون اصلی رسیدگی به این طرح، فرمول محاسبه مالیات را به‌گونه‌ای اصلاح کرده است که اشکال بی‌اثر بودن نرخ در قانون قبلی را رفع کند. در فرمول جدید، مبلغ مالیات تقریبا به اندازه اجاره‌بهای یک‌سال آپارتمان است. قانون مصوب سال ۹۴ که هیچ‌وقت اجرایی نشده، هزینه بلااستفاده گذاشتن واحد مسکونی را معادل یک ماه اجاره‌بها تعیین کرده بود. در صورت تصویب طرح مجلس، اولین خانه‌خالی هر خانوار، از مالیات معاف می‌شود. دو فرضیه درباره علت این معافیت مطرح است.
چکش‌کاری تازه مجلس بر قانون اخذ مالیات از خانه‌های خالی به احتمال صدور کارت سبز برای کسانی که تنها یک خانه خالی ملکی در اختیار دارند منجر شده و این گروه در صورت تصویب نهایی طرح مذکور به همین شکل، از پرداخت مالیات معاف خواهند شد. طرح مجلس درخصوص اصلاح ماده ۵۴ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم که ناظر بر اخذ مالیات از خانه‌های خالی است اخیرا با قید دو فوریت به صحن مجلس آمد اما به دلیل برخی ابهامات مطرح شده از سوی گروهی از نمایندگان، این طرح برای چکش‌کاری و کارشناسی به کمیسیون اقتصادی مجلس بازگشت و مقرر شد با توجه به قید دو فوریت آن، کمیسیون اقتصادی به سرعت نسبت به رفع ابهام و چکش‌کاری نهایی به منظور بررسی آن در صحن اقدام کند. بر اساس آخرین اطلاعات از چکش‌کاری صورت گرفته بر طرح اصلاح قانون اخذ مالیات از خانه‌های خالی مصوب سال ۹۴، یکی از سه مانع اجرای بهینه این قانون برطرف شده و در صورت تصویب نهایی و اجرای نسخه جدید قانون مالیات بر خانه‌های خالی، تاثیر آن بر کنترل قیمت مسکن و اجاره به مراتب بیشتر خواهد بود.
مانع اول اجرای موثر قانون مالیات بر خانه‌های خالی مربوط به شناسایی این خانه‌ها است که با توجه به نبود سامانه یکپارچه و جامع درخصوص املاک و کاربری آنها در حال حاضر، این مانع همچنان در جای خود باقی است. در قانون فعلی اولا صرفا دستگاه‌ها موظف به ثبت اطلاعات املاک شده‌اند و ثانیا هیچ ضمانت اجرایی قابل قبولی برای عدم ارائه اطلاعات از سوی دستگاه‌ها به سامانه ملی املاک و اسکان پیش‌بینی نشده است. اما در طرح مجلسی‌ها افراد ملزم به خوداظهاری شده‌اند و هر فرد باید آدرس محل سکونت و کد پستی املاک خود را در سامانه املاک و اسکان وزارت راه و شهرسازی ثبت کند؛ ضمن اینکه در مصوبه کمیسیون اقتصادی مجلس که به زودی در صحن ارائه خواهد شد، جرم‌انگاری درباره عدم ارائه اطلاعات پیش‌بینی شده است. همچنین مدیران و کارکنان دستگاه‌هایی که از در اختیار گذاشتن اطلاعات استنکاف کنند، به محکومیت درجه شش محکوم خواهند شد که مجازات سنگینی برای یک مدیر محسوب می‌شود و به نظر مجلسی‌ها می‌تواند بازدارنده باشد.
دومین مانع اجرای موثر قانون مالیات بر خانه‌های خالی، موضوع نرخ قانونی پیش‌بینی شده برای این قانون و غیربازدارنده بودن آن در برابر خالی نگه داشتن خانه‌ها بوده است. در قانون مصوب سال ۹۴ نرخ مالیات بر خانه‌های خالی معادل ۵۰ درصد مالیات بر درآمد اجاره املاک بوده است. این رقم چیزی حدود یک ماه عایدی اجاره املاک بوده که به‌صورت سالانه به‌عنوان مالیات بر خانه خالی منظور می‌شود. طبیعی است اجاره یک ماه از یک ملک، برای مالک خانه خالی رقم قابل توجهی نیست که وی انگیزه کافی برای پرهیز از خالی نگه داشتن واحد مسکونی خود را پیدا کند. اما با تغییر تور مالیاتی پیش‌بینی شده برای خانه‌های خالی در کمیسیون اقتصادی مجلس، به نظر می‌رسد این مانع به‌طور کامل برطرف شده است. بر اساس آنچه در کمیسیون اقتصادی مجلس برای ارائه در صحن به تصویب رسیده است، اصلاح ضرایب مالیات بر خانه‌های خالی به ۱۰ برابر نرخ مصوب در قانون قبلی صورت گرفته و این مالیات معادل ۵ برابر مالیات بر درآمد اجاره املاک تعیین شده است. این بند پیشنهادی مهمترین تصمیم کمیسیون اقتصادی برای افزایش تاثیر ضد تورمی مالیات بر خانه‌های خالی در بازار معاملات خرید و اجاره مسکن به شمار می‌آید. با تصویب این نرخ پیشنهادی، میزان مالیات بر خانه‌های خالی تقریبا به رقمی معادل عایدی اجاره حدود یک سال یک آپارتمان مسکونی افزایش می‌یابد. به‌عنوان مثال خالی ماندن یک واحد آپارتمان ۵۰ مترمربعی در شهر تهران بر اساس قانون فعلی مالیاتی حدود ۳ میلیون تومان در سال را به مالک تحمیل می‌کند، در حالی که در صورت تصویب نسخه پیشنهادی کمیسیون اقتصادی که اخیرا چکش‌کاری شده و به زودی در صحن مطرح می‌شود، میزان این مالیات به حدود ۳۰ میلیون تومان افزایش می‌یابد که رقم قابل توجهی به شمار می‌آید. این رقم برای یک واحد ۱۰۰ متر مربعی دو برابر می‌شود. ماخذ محاسبه رقم مالیات بر درآمد اجاره هر ملک نیز ارزش معاملاتی ملک است که هر ساله توسط سازمان امور مالیاتی تا پایان خرداد تعیین می‌شود.
سومین مانعی که در برابر اصابت دقیق مالیات بر خانه‌های خالی در نسخه فعلی قانون مالیات‌های مستقیم وجود دارد، ناظر بر طرح ادعاهایی است که ممکن است از سوی مالکان املاک خالی از سکنه صورت بگیرد. آنچه تاکنون از چکش‌کاری مجلس برای اصلاح این قانون منتشر شده حکایت از آن دارد که برای موضوع ادعاهای مالکان، طرحی پیش‌بینی نشده است. به هر حال یک چالش همیشگی اجرای مقررات ناظر بر اخذ مالیات از خانه‌های خالی، نحوه برخورد دولت با ادعای مالکان درباره علت خالی ماندن واحد است. حداقل دو ادعا در این باره مطرح است؛ نخست اینکه ممکن است مالک مدعی باشد که خانه را برای استفاده فرزند یا اقوام خود خالی نگه داشته و به زودی مسکونی خواهد شد؛ ادعای دیگر نیز این است که فرد خانه را برای فروش یا اجاره عرضه کرده اما متقاضی آن وجود ندارد. آنچه به طرح این ادعا کمک می‌کند، شرایط رکودی بازار ملک و نبود تقاضای مصرفی در بازار معاملات مسکن است. از طرفی ممکن است مالک قیمت پیشنهادی خود برای فروش یا اجاره ملک را بسیار بیشتر از ارزش اجاری یا معاملاتی واقعی ملک تعیین کند و به همین خاطر ملک مربوطه در صف انتظار فروش یا اجاره باقی بماند. به نظر می‌رسد مجلس برای عبور از این مانع راه حلی ندارد، مگر اینکه قانون به نحوی اجرا شود که دستگاه مجری به هیچ وجه استدلال مالک را قابل استماع نداند و به سراغ توجیهاتی که ممکن است درباره علت خالی ماندن خانه مطرح کند، نرود.
اتفاقا در صورت غیرقابل استماع بودن توجیهات و ادعاهای مالکان، قیمت‌های پیشنهادی پرت در بازار اجاره و فروش مسکن نادر خواهد بود و مالک با علم به اینکه هیچ ادعایی از سوی او قابل قبول نیست، نهایت تلاش خود را برای فروش یا اجاره املاک به کار می‌بندد.
آن‌گونه که کمیسیون اقتصادی مجلس پیش‌بینی کرده، ملاک خالی بودن ملک برای اینکه مشمول دریافت این نوع مالیات شود، خالی ماندن دست‌کم شش ماه یک واحد ملکی در طول یک سال شمسی است. هرچند به صراحت درباره متوالی یا غیرمتوالی بودن مدت خالی ماندن واحدهای مسکونی برای اینکه مشمول مالیات بر خانه‌های خالی شوند، در متن مصوب کمیسیون اقتصادی مجلس اظهارنظر نشده است، اما اگر مرزبندی میان «خانه‌های خالی» و «خانه‌های دوم» در نتایج سرشماری مرکز آمار در سال ۹۵ را ملاک قرار دهیم، به نظر می‌رسد این شش ماه باید متوالی درنظر گرفته شود؛ چراکه واحدهای ویلایی در برخی از مناطق کشور عموما ممکن است شش ماه غیرمتوالی خالی باشند، اما کاربری آنها به نحوی است که نمی‌توان انتظار داشت برای یک سال تمام به اجاره سپرده شوند.
به گزارش «دنیای اقتصاد»، کمیسیون اقتصادی مجلس علاوه بر چکش‌کاری بر نرخ و نحوه شناسایی خانه‌های خالی، یک تصمیم مهم دیگر نیز درباره خانه‌های خالی مشمول مالیات از سکنه اتخاذ کرده که ناظر بر معافیت فقط یک واحد خالی تحت مالکیت یک خانوار است. بر اساس تصمیم این کمیسیون که باید در صحن مطرح و برای تصویب، بررسی شود، خانوارها به جز محل اقامت خودشان می‌توانند مالک خانه دیگری نیز باشند، اما نمی‌توانند مستأجر جایگاهی غیر از یکی از دو خانه ملکی خود باشند. در واقع مجلس معافیت مالیات بر خانه‌های خالی را برای خانوارهایی که به جز محل سکونت خود فقط یک واحد ملکی دیگر دارند، در نظر گرفته و عملا به مالکان فقط یک خانه خالی، کارت سبز نشان داده است. با این تصمیم به نظر می‌رسد تور مالیات بر خانه‌های خالی به شدت تنگ‌تر خواهد شد چرا که احتمالا نیمی از خانوارهای ایرانی بیش از یک واحد خالی به جز محل سکونت خود در مالکیت ندارند. در عین حال این تصمیم سبب می‌شود مالیات بر خانه‌های خالی در این نسخه اجرایی، دقیق‌تر از نسخه‌ای که در حال حاضر اجرا می‌شود، به محلی که باید اصابت کند.
درباره علت این معافیت از پرداخت مالیات بر خانه‌های خالی برای فقط یک واحد مسکونی مازاد بر واحد ملکی و مصرفی خانوار، احتمالا مقررات به این نحو پیش‌بینی خواهد شد که تعداد واحدهای مسکونی ملکی متعلق به تمام اعضای یک خانواده نباید به بیش از دو واحد مسکونی برسد. دو فرضیه نیز در مورد علت این تصمیم کمیسیون اقتصادی مطرح است. فرضیه نخست این است که مجلسی‌ها به این واقعیت پی برده‌اند که در شرایط فعلی اقتصادی خانوارها از خرید ملک به‌عنوان یک سپر تورمی استفاده می‌کنند و در واقع چاره دیگری برای اینکه دارایی نقدی خود را از کاهش ارزش در امان نگه دارند، ندارند، مگر اینکه نسبت به خرید خانه دوم اقدام و به هر قیمت ممکن نقدینگی خود را به دارایی ملکی تبدیل کنند. در واقع این سرمایه‌گذاری ملکی خانوارها برای تامین آینده فرزندان توسط کمیسیون اقتصادی به رسمیت شناخته شده است.
در عین حال فرضیه دومی نیز در این رابطه وجود دارد؛ اینکه مقامات در محل زندگی قبلی (شهرستان محل سکونت) خود نیز علاوه بر پایتخت یک واحد مسکونی تحت مالکیت خود دارند و به همین خاطر ملاحظه لازم برای داشتن فقط یک واحد ملکی خالی مازاد بر محل سکونت را در اصلاحیه پیشنهادی قانون مالیات بر خانه‌های خالی لحاظ کرده‌اند.